يازده سال پس از استقلال پاكستان، در حالي كه اين كشور دوره‏اي از بي‏ثباتي سياسي را پشت سر مي‏گذاشت ژنرال محمد ايوب خان، از فرماندهان ارتش پاكستان، در كودتايى بدون خون‏ريزي در 27 اكتبر 1958م، قدرت را در اين كشور به دست گرفت. و اسكندر ميرزا به عنوان اولين رئيس‏جمهور پاكستان مجبور به كناره‏گيري از قدرت شد. وي كه ابتدا فرماندهي ارتش و سپس وزارت دفاع را بر عهده داشت، قبل از كودتا جانشين رئيس جمهور بود. پس از كودتا، وي با در اختيار گرفتن سمت‏هاي رياست جمهوري و نخست وزيري، در پاكستان حكومت نظامي اعلام كرد. ايوب‏خان، اگر چه هفت سال بعد در انتخابات رياست جمهوري 1965م به پيروزي رسيد، اما به تدريج به سبب افزايش مشكلات اقتصادي و سياسي، با شورش‏هاي مردمي روبرو شد. بنابراين وي تصميم گرفت برخي از آزادي‏هاي اجتماعي را احياء نمايد. در همين رابطه به ايجاد هسته‏هايي به نام واحدهاي دموكراتيك بنياني، پرداخت. ژنرال ايوب خان پس از اين كه نتوانست براي تحقق خواسته‏هاي مردم مسلمان پاكستان كار مهمي انجام دهد. پس از يازده سال حكومت، در سال 1969م، قدرت را به داماد خود، ژنرال يحيي خان واگذار كرد.